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空间转录组测序

Stereo-seq 空间转录组

Stereo-seq基于 DNA 纳米球 (DNA Nano Ball,DNB) 开发,是拥有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术,能够实现统一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录组分析。该技术通过期空芯片捕获组织中的 mRNA,并通过空间条形码 (Coordinate ID, CID) 还原回空间地位,实现组织原位测序,为深刻地相识细胞的基因表白及状态与部门环境之间的关系成立壮大的钻研技术。

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在Cell上颁发的“Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays”;赟tereo-seq的单细胞分辨率、高活络度和大视野,用于天生空间分辨的幼鼠转录组图谱器官发生。本文分析了成年幼鼠冠状半脑切片,该切片在原位分析前利用了核酸染料,以评估获得的信号与测序后的 Stereo-seq 数据之间的有关性。Stereo-seq 检测到染料和聚合转录物的显着共定位,批注Stereo-seq能够细胞分辨率分解成年幼鼠大脑;为分析大脑数据,团队还对Stereo-seq数据进行了无监督 SCC,以鉴别分歧的解剖区域,蕴含皮层和皮层下区域,例如海马、丘脑和纹状体等,证了然Stereo-seq 能够高活络度和大视野的无偏方式在空间上表征复杂组织的转录组组织和单个细胞类型组成。
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