扩增子测序是微生物组分析中使用最宽泛的测序步骤，险些能够利用于所有类型的样品。然而，该技术只能达到“属”级分辨率。宏基因组测序不仅将分类学分辨率扩大到“种”或“株”的水平，并且还提供了潜在的职能信息，宏基因组测序也使得从短片段组装微生物基因组成为可能。