10x V(D)J 选取TCR/BCR恒定区的陆续巢式引物对全长cDNA进行扩增，以获取个别中所有T/B细胞的BCR和TCR的V(D)J全长序列总和。在肿瘤微环境、习染性疾病、器官移植后倾轧、免疫医治等钻研领域中有着宽泛的利用。
技术优势
可实现成对的沉链和轻链（B细胞）或α和β链（T细胞）的全长测序
精密到单细胞水平，能获得大量单细胞的免疫组库数据
大规模单细胞VDJ+表白谱测序，单个细胞成本大大降低
代表性文章
ElhamAzizi, et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell, 2018,DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.060
案例展示
单细胞测序揭示复杂的肿瘤微环境
钻研布景
相识肿瘤微环境中的免疫细胞表型，对相识癌症进展和免疫疗法的机造是必不成少的。本钻研从8名乳腺癌患者的肿瘤样本及配对的正常血液、乳腺和淋趋附样本中获得多个免疫细胞，发展单细胞RNA测序尝试。之后，利用SEQC流程和“Biscuit”算法，对这些组织中的免疫细胞进行聚类和鉴定。
钻研思路
本钻研总共鉴定出83个分歧的免疫细胞簇，蕴含38个T细胞簇、27个骨髓谱系细胞簇、9个B细胞簇和9个天然杀伤细胞簇。大无数的细胞簇（除了其中的10个）是不止一名患者所共有的，只管在肿瘤样本中的表型往往分歧。钻研指出，部门T细胞在肿瘤和正常组织中都存在，不外细胞毒性T细胞在肿瘤中更丰硕，Treg细胞也是如此。
在一系列后续尝试中，钻研人员利用10X Genomics的步骤获得27,000多个T细胞的TCR-seq和RNA-seq配对数据并发展分析。比力了正常组织和乳腺癌组织的免疫组库，发现表型扩增往往发生在乳腺癌微环境中。
这些观察了局，以及免疫细胞的RNA-seq和TCR-seq数据集和全面的分析平台，将有助于钻研人员更好地相始疫细胞推进和延缓肿瘤成长背后的分子机造。
参考文件
ElhamAzizi, et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell, 2018,DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.060
了局展示
1.V-J paired特点分析
V-J paired直接反映出CDR3或免疫组库的变动，图中横坐标为V Gene，纵坐标为J Gene。色彩越深暗示V-J paired丰度越高。
2.V/J基因特点分析
对CDR3 V/J基因序列长度散布情况进行统计，图中横坐标为CDR3(V Gene)碱基序列长度，纵坐标为对应的clonotype name频率，分歧色彩暗示分歧V Gene，top10的V Gene用彩色暗示，other（灰色部门）暗示其他V Gene。
3.Clonotype分型
一个clonotype（克隆亚型）的界说为：一组唯一的CDR3核苷酸序列。Cell Ranger凭据拼接得到的Consensus中的CDR3氨基酸序列进行Clonotype分型，其有效Barcode为该Clonotype的丰度。利用圈图展示免疫组库的top10 clonotype频率散布（clonality）。
